La maggior parte del materiale che oggi costituisce il patrimonio dell’istituzione cittadina è stato raccolto, a partire dalla prima metà del Novecento, per iniziativa del prof. Euclide Milano, grazie al contributo di privati e di autorità civili e religiose; originariamente collocato presso Palazzo Audiffredi in via Cacciatori delle Alpi, viene trasferito e riallestito nel Convento di S. Francesco intorno al 1980.
Attualmente i percorsi interni del Museo si snodano partendo dalle più antiche testimonianze della preistoria per giungere a quelle di età moderna e raccontano al visitatore la storia del territorio.

La Sezione di Pre-Protostoria
La Sezione della Romanità
La Sezione dell'Altomedioevo e del Medioevo
La Sezione di Arte Sacra
La Sezione Etnografica